黑客帝國動畫版英文片名:《heikediguodonghuaban》,發布于2003年,由鐘彼得,安德魯·R·瓊斯,川尻善昭,小池健,前田真宏,森本晃司,渡邊信一郎執導,并且由編劇攜幕后團隊創作。集眾多位大塚明夫,克萊頓·華生,帕梅拉·阿德龍,海蒂·布雷斯,特倫斯·卡森,美琳達·克拉克,奧利薇亞·阿波,戴恩·A·戴維斯,威廉·R·迪恩等著名實力派明星加盟。并于2003年在美國上映。
《黑客帝國動畫版》由9段以《黑客帝國》系列電影世界觀為基礎生發出的短片組成,各篇的角度與風格各異,制作班底匯聚了日本、美國、韓國三地的動畫精英。《機器復興》講述了MATRIX的歷史。機器人不堪人類惡劣對待,終于反抗并將人類化為能源?!渡倌旯适隆分v述一名少年突然收到來自網絡的召喚,而大批黑衣人開始對他展開圍捕?!短摂M程序》展示了一對男女在虛擬訓練程序中的片斷?!妒澜缂o錄》描寫一位短跑運動員在接近突破人類極限時終被系統牢牢控制?!冻綐O限》敘述因為系統錯誤,平靜的街區中出現了一片超常區域?!秱商焦适隆访鑼懸晃粋商奖徊讲揭I著試圖擺脫系統的桎梏?!毒仃嚮分v述一只機器人被人類捕獲并馴化的故事?!督K極戰役》記錄了一艘飛船毀滅的經過。