X檔案第五季英文片名:《Xdangandiwuji》,發布于1997年,由金·曼納斯執導,并且由編劇攜幕后團隊創作。集眾多位大衛·杜楚尼,吉蓮·安德森,米徹·佩勒吉,威廉·B·戴維斯,湯姆·布萊德伍德,迪恩·哈格魯德,布魯斯·哈伍德,約翰·芬等著名實力派明星加盟。并于1997年在美國上映。
繼續延續上一季的劇情,原來穆德受了騙,及時發覺錯誤后和史考莉串通好來騙政府高層,以潛入一個“作為一個普通FBI特別探員不該進入的地方”搜集需要的資料。本季發展越來越精彩,一些沒有被完全改造的混血外星人聯合起來抵抗殖民陰謀。史考莉被綁架時子宮被移除,但今年卻出現了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小組甚至找了兩位知名科幻小說家操筆,客串寫出兩集劇本。另外今年也有一集喜劇。整出X檔案為了配合電影的上映,加入了一些角色及內容,“辛迪加”組織的陰謀越來越明顯,穆德再一次接近事實的真相。穆德前女友的出現也對穆德與史考莉間的關系做出重大考驗。該季結束于吸煙人燒毀了所有X檔案卷宗。